Sejarah Kadipaten Pakualaman: Wilayah, Pembentukan, dan Daftar Penguasa

Di bawah pengaruh Raffles, HB II diizinkan tetap memegang posisinya bahkan lebih diperkuat. Tuntutan Sultan untuk membebaskan kedua kerabatnya dipenuhi.

Namun, sebaliknya, HB II diminta untuk membubarkan Angkatan Bersenjata Kesultanan atas campur tangan Inggris yang terlalu jauh dalam urusan istana.

Akibatnya, HB II segera melakukan negosiasi dengan Sunan Pakubuwono IV untuk memisahkan diri dari Inggris.

Dengan tegas, HB II menolak pembubaran pasukannya oleh Inggris dan malah memperkuat pertahanan di istana serta meningkatkan jumlah milisi bersenjata. Rencana Sultan diketahui oleh Inggris melalui Natakusuma dan Kapten Tan Djiem Sing.

Tindakan tersebut mengakibatkan pasukan Inggris dengan perlengkapan militer lengkap yang dipimpin oleh Admiral Gillespie mengepung Keraton Jogja dengan bantuan Legiun Mangkunegaran di bawah komando Pangeran Prangwadana.

Gillespie segera memberikan ultimatum kepada HB II untuk menyerahkan tahta kepada Adipati Anom dan menjadikan BPH Natakusuma sebagai Pangeran Mardika.

Sultan HB II dengan tegas menolak memenuhi ultimatum tersebut. Versi lain menyebutkan bahwa mulai 18 Juni 1812, istana mulai dihujani tembakan meriam.

Setelah tiga hari pengepungan dan serangan kilat pada hari terakhir, istana berhasil ditaklukkan pada 20 Juni 1812.

Menurut versi lain, pengepungan dimulai pada 20 Juni 1812 dan pada 28 Juni 1812, istana sepenuhnya jatuh ke tangan Inggris.

Pada tanggal itu juga, Sultan HB II untuk kedua kalinya diberhentikan, dan HB III kembali dinobatkan sebagai Sultan Jogja.