Strategi Sultan Himayatuddin Muhammad Saidi, Pimpin Gerilyawan dari Hutan Usir VOC Belanda

Untuk mempermudah jalannya pemerintahan, Buton menjalankan sistem desentralisasi dengan membentuk 72 wilayah kecil yang disebut Kadie. Beberapa jabatan yang ada di struktur pemerintahan Buton adalah Bontona (Menteri), Menteri Besar, Bonto, Kepala Siolimbona, dan Sekretaris Sultan.

Ikatan kerajaan dengan agama Islam sangat erat, terutama dengan unsur-unsur sufistik. Undang-undang Kerajaan Buton disebut dengan Murtabat Tujuh, suatu terma yang sangat populer dalam tasawuf. Undang-undang ini mengatur tugas, fungsi dan kedudukan perangkat kesultanan.

Di masa ini juga, Buton memiliki relasi yang baik dengan Luwu, Konawe, Muna dan Majapahit. Sebagai alat tukar dalam aktivitas ekonomi, Buton telah memiliki mata uang yang disebut Kampua. Panjang Kampua adalah 17,5 cm, dan lebarnya 8 cm, terbuat dari kapas, dipintal menjadi benang kemudian ditenun menjadi kain secara tradisional.



Kesultanan Buton juga mempunyai sistem pertahanan berlapis, yaitu empat Barata (Wuna, Tiworo, Kulisusu dan Kaledupa), empat matana sorumba (Wabula, Lapandewa, Watumotobe dan Mawasangka) serta empat orang Bhisa Patamiana (pertahanan kebatinan).

Untuk memperkuat sistem pertahanan berlapis tersebut, kemudian dibangun benteng dan kubu-kubu pertahanan. Pembangunan benteng dimulai pada 1634 oleh Sultan Buton ke-6, La Buke. Tembok keliling benteng panjangnya 2.740 meter, melindungi area seluas 401.900 meter persegi.

Tembok benteng memiliki ketebalan 1-2 meter dan ketinggian antara 2-8 meter, dilengkapi dengan 16 bastion dan 12 pintu gerbang. Lokasi benteng berada di daerah perbukitan berjarak sekitar 3 kilometer dari pantai.

Periode Kesultanan Buton terdiri dari era pra-Islam dari 1332 hingga 1542. Selama rentang waktu ini, Buton diperintah oleh enam orang raja. Pada periode Islam dari 1542 hingga 1960 dan diperintah 38 Sultan.

Sultan terakhir yang berkuasa di Buton adalah Sultan Muhammad Falihi Kaimuddin. Kekuasaannya berakhir pada 1960. Mengetahui kedudukan Kesultanan Buton yang berdaulat, maka pada awal Februari 1950, Presiden Sukarno menggelar Pertemuan di Malino (Sulawesi Selatan) dengan mengundang seluruh raja se-Sulawesi dihadiri Sultan Andi Mappanyuki (Raja Bone) dan Andi Pangerang Pettarani (Gubenur Afdeling Makassar) yang telah masuk ke dalam wilayah Republik Indonesia.