Perang China dan Giyanti sebabkan Wilayah Kerajaan Mataram Menyempit

Sementara itu, perubahan kekuasaan pada negara-negara di Jawa untuk pertama kali terjadi pada masa Gubernur Jenderal Daendels (1808-1811), yaitu dengan adanya peraturan baru mengenai upacara penerimaan residen di Istana Surakarta dan Yogyakarta.

Menurut peraturan baru ini, residen di kerajaan-kerajaan itu harus diberi penghormatan sebagai wakil dari suatu kekuasaan yang tertinggi dan menempatkannya sejajar dengan raja. Berarti raja-raja itu diturunkan martabatnya, dari raja merdeka menjadi raja bawahan.

Di Istana Surakarta, peraturan Daendels tersebut diterima, tetapi tidak demikian halnya di Yogyakarta. Sultan Hamengku Buwono II atau Sultan Sepuh yang menentang peraturan ini pada tahun 1810 dipaksa turun dari tahtanya dengan ekspedisi militer yang dipimpin oleh Daendels sendiri.

Sebagai penggantinya, diangkat putra mahkota menjadi raja dengan gelar Hamengku Buwono III atau Sultan Rojo. Peristiwa ini memberi kesempatan pada Daendels untuk memaksa Yogyakarta dan Surakarta, menerima perjanjian baru pada 1811 yang menyebabkan kedua negara itu kehilangan lagi sebagian dari wilayahnya.