Keperkasaan Sultan Hasanuddin Melawan Belanda, dan Perjanjian Bongaya yang Meruntuhkan Kerajaan Gowa

Untuk itu hubungan antara Batavia (pusat kekuasaan VOC di Hindia Timur) dan Ambon terhalangi oleh adanya kerajaan Makasar. Dengan kondisi tersebut maka timbul pertentangan antara Sultan Hasannudin dengan VOC, bahkan menyebabkan terjadinya peperangan. Peperangan tersebut terjadi di daerah Maluku.

Perlawanan rakyat Makassar terhadap VOC terjadi pada tahun 1654-1655. Pada pertengahan abad ke-17, Kerajaan Makassar menjadi pesaing berat bagi VOC terutama dalam bidang pelayaran dan perdagangan di wilayah Indonesia Timur.

Persaingan dagang tersebut terasa semakin berat untuk VOC, sehingga VOC merancang siasat dengan berpura-pura ingin membangun hubungan baik dan saling menguntungkan dengan Kerajaan Makassar. Upaya VOC yang sepertinya terlihat baik ini disambut baik oleh Raja Gowa dan kemudian VOC diberikan izin untuk berdagang secara bebas.

Setelah mendapatkan kesempatan berdagang dan mendapatkan pengaruh di Makassar, VOC mulai mengajukan tuntutan kepada Sultan Hasanuddin. Tuntutan VOC terhadap Makassar ditentang oleh Sultan Hasanudin dalam bentuk perlawanan dan penolakan semua bentuk isi tuntutan yang diajukan oleh VOC yang sangat ingin menguasai perdagangan di daerah Indonesia Timur. Oleh karena itu, VOC selalu berusaha mencari jalan untuk menghancurkan Makassar sehingga terjadilah beberapa kali pertempuran antara rakyat Makassar melawan VOC.

Perang Makasar dipicu oleh perang dagang antara Kerajaan Makasar yang menjadikan pelabuhannya bebas dikunjungi oleh kapal-kapal dari Eropa ataupun dari Asia dan Nusantara, dengan pihak VOC yang ingin memaksakan monopoli. Pelabuhan Makasar dianggap menyaingi perniagaan VOC. Keinginan VOC untuk mengontrol jalur perniagaan laut, ditolak oleh Sultan Hasanuddin.


Namun Sultan Hasanuddin menolak keras permintan VOC, dan meneguhkan semangat orang-orang Makasar untuk melawan tindakan yang memaksakan kehendak, padahal sudah sejak lama, perniagaan laut di Asia Tenggara ini berjalan dengan sistem pasar bebas.

Pihak penguasa hanya mengontrol keamanan laut dan pelabuhan dengan menarik cukai atas bermacam mata dagangan. Bahkan para penguasa juga menjadi kaya karena menjadi juragan atau pemilik kapal-kapal dagang. Namun sejak kekalahan dalam Perang Makasar banyak bangsawan, saudagar, dan pelaut Makasar yang meninggalkan kampung halamannya pergi merantau ke seluruh kepulauan Nusantara.

Sementara itu sebagaian besar bangsawan Bugis di Wajo yang menjadi sekutu Kerajaan Gowa-Tallo juga melakukan pengungsian setelah ibukota kerajaan di Tosora dihancurkan oleh VOC. Peperangan yang terjadi kemudian pada pertengahan abad ke 18 antara Kerajaan Bone melawan Kerajaan Gowa-Tallo dan Kerajaan Wajo juga makin menambah besar jumlah penduduk yang mengungsi.

Namun para pengungsi Makassar dan Bugis generasi awal telah beradaptasi dengan baik di lingkungan barunya. Kebanyakan orang Bugis kemudian menetap di wilayah kepulauan Riau dan Semenanjung Malaya, sementara orang Makasar di Jawa dan Madura. Sedangkan dalam jumlah kecil mereka menyebar hampir di seluruh wilayah kepulauan Indonesia.