Asal-muasal VOC Berkantor di Wilayah Kekuasaan Mataram yang Kaya Hasil Hutan Jati

Namun, pada masa Sultan Amangkurat II, yang memerintah 1677-1703, keadaan mulai berubah. Ketika itu Surabaya memberontak kembali terhadap Mataram. Sesungguhnya permusuhan Surabaya dan Madura terhadap Mataram itu telah dapat diatasi oleh Sultan Agung ketika pada tahun 1625 ia berhasil menaklukkan Surabaya.

Mataram terpaksa meminta bantuan VOC yang berhasil mematahkan perlawanan Trunojoyo, bahkan menangkapnya tahun 1679. Sebagai imbalannya, pada bulan Januari 1678 Mataram membuat suatu perjanjian baru dengan VOC. Mataram memberi izin bagi VOC untuk mengelola pelabuhan-pelabuhannya. Bahkan ongkos perang yang dikeluarkan VOC dibayar dan diberikan hak monopoli mengimpor madat dan tekstil, serta kekuasaan atas Semarang.

Tidak lama kemudian keamanan Mataram terganggu lagi oleh ulah seorang bekas budak dari Batavia yang melarikan diri ke Mataram, yaitu Untung Surapati. Surapati dan pasukannya tidak lama berdiam di Mataram, karena selanjutnya ia membangun pusat kekuasaannya di Pasuruan. Bahkan, ada bukti-bukti bahwa ia berambisi menghidupkan kembali Kerajaan Majapahit yang telah lama lenyap itu.